Ageing impacts extracellular matrix turnover and remodelling in the kidney
该研究利用稳定同位素标记技术发现，肾脏衰老导致的纤维化主要源于细胞外基质（特别是基底膜和纤维胶原）降解能力受损及更新停滞，而非合成增加，且伴随基质蛋白结构改变和相互作用异常。
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104 篇论文
系统生物学不再将生命视为孤立零件的堆砌，而是试图理解细胞内无数分子如何像交响乐般协同运作。这一领域通过整合海量数据，揭示基因、蛋白质与环境之间复杂的互动网络，让我们从整体视角去解读生命的奥秘，而非仅仅关注单一环节。
在 Gist.Science 上，我们持续追踪并处理来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到这些前沿探索。每一篇入选的系统生物学论文，都经过我们团队的深度解读，提供通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解析，让专业研究变得触手可及。
下方为您呈现该领域最新的预印本列表，带您走进从数据到生命图景的精彩旅程。
Exercise modulation of the alternative splicing landscape in human tissues
该研究通过多组学分析揭示了急性耐力与抗阻运动在人体骨骼肌、脂肪组织和血液中诱导了数千个独立于基因表达变化的差异可变剪接事件，并阐明了剪接调控机制是运动引发多器官分子响应的重要介导因素。
Why Boolean network control tools disagree: a taxonomy of control problems
该论文通过建立控制问题分类法、提出覆盖一致性评估框架及开发突变共现评分指标，系统解析了布尔网络控制工具结果不一致的根源，并展示了利用多工具集成预测提升生物标志物识别可靠性的方法。
STRESS HISTORY ESTABLISHES A TRANSIENT TOLERANT STATE THAT SHAPES ANTIBIOTIC SURVIVAL UPON RESUSCITATION
该研究利用高通量单细胞微流控平台发现，细菌在复苏过程中会因既往的饥饿压力史而进入一种瞬态耐受状态，这种状态使其在β-内酰胺类抗生素治疗下更易存活，并可能是导致临床治疗失败及菌群快速复发的主要驱动因素。
Generalized Morphogenesis Theory: A Flow-Inertia Modeling Framework for Cross-Scale Dynamics of Dissipative Structures
本文提出了一种基于“流 - 惯量”公式的广义形态发生理论（GMT）框架，该框架通过统一描述跨尺度耗散结构的动力学行为，成功将作物生长与分子转录组数据等不同领域的实证结果整合为 12 种普适的规范设计模式。
The Potential Effect of Vitamin D Supplement on Selected Coagulability Predictors in Vape-Exposed Female Rats
该研究指出，电子烟暴露会激活炎症和凝血通路，而高剂量维生素 D 补充剂能有效减轻雌性大鼠因电子烟引起的炎症反应、凝血异常及肺部损伤，并可能有助于降低尼古丁依赖。
Structural and Metabolic Characterization of Ni(I)-inhibitors Provide a Robust Anti-Methanogenicity Scoring System
该研究通过阐明抑制剂与辅因子F430的相互作用机制，结合对比学习与多尺度代谢建模，建立了一套能够整合热力学特征与代谢通量变化、用于理性设计高效反甲烷生成抑制剂的稳健评分系统。
CellSwarm: LLM-Driven Cell Agents Recapitulate Tumor Microenvironment Dynamics and Sense Indirect Genetic Perturbations
本文提出了 CELLSWARM 框架，利用大语言模型驱动具备记忆和信号通路的自主细胞代理，不仅以高保真度复现了肿瘤微环境动态，更突破了传统规则模型的局限，实现了跨癌种泛化、治疗响应预测以及对间接遗传扰动的感知能力。
What microbes want: exploring microbial substrate preferences with the Web of Microbes Agent
该研究提出了一种结合贝叶斯个性化排序模型、Phydon 生长模型及大语言模型的“微生物网络代理”（WoM Agent），能够准确预测细菌底物偏好、自主推理并设计实验，从而在微生物培养、工程化及环境微生物学领域展现出广泛应用前景。
A Fine-Tuned Phosphatidylinositol Profile Contributes to Colonocyte Differentiation and Malignization: Evidence From Integrated Omics
该研究通过整合健康与肿瘤结肠细胞的转录组与脂质组数据，揭示了磷脂酰肌醇谱系的精细调控在驱动结肠细胞分化及维持干细胞特性中的关键作用，并阐明了肿瘤中该脂质重塑程序丧失与磷脂酰肌醇代谢异常升高的机制。